Christophs Abstürze #104
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Reference: IPKM/nmreval#104
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wenn ich einen datensatz, egal ob T1, 1/T1, oder omega/T1, mit einem Fit aus der Kategorie "Field Cycling" fitte ist alles in Ordnung. Wenn ich noch eine zweite Funktion addiere (z.B. nochmal was aus FC, oder auch nur eine Konstante), zieht das Auswerteprogramm zunächst 100% Rechnerleistung für mehrere Minuten. Eine Weile lang können noch andere Prozesse auf dem Rechner laufen, dann friert auch der Rest ein. Mehrere semi-freiwillige Neustarts später besteht das Problem immernoch.
Ist das nur bei dir so oder auch bei anderen? Wenn ersteres der Fall ist, kann ich wohl nur wenig machen, bei letzterem muss ich mir anschauen, was passiert.
Crash wenn Fitmodel aus FC-Kategorie kombiniert wird.to Crash wenn Fitmodel aus FC-Kategorie kombiniert wird.Wahrscheinlich das gleiche Probelm wie #110 und könnte gelöst sein
Das Auswerteprogramm ist wieder gecrasht.
ich habe über NMR->Calculate Relaxation Werte für T1 und T2 ausrechnen lassen mit zuvor ermittelten Fitparametern für tau_LG, sigma, tau_CD, Ratio. Dabei sind mir keine Probleme aufgefallen.
Ich wollte dann eine .agr Datei einlesen lassen um die errechneten Werte mit Messdaten zu vergleichen, daraufhin wurde der PC langsam (Cursor-reagiert-erst-viele-Sekunden-später-langsam). Ich habe es leider nicht rechtzeitig geschafft zu einem Terminal zu navigieren, vermute aber stark, dass das Auswerteprogramm wieder den Speicher hat volllaufen lassen.
Das Programm hat sich nach ca 10min selbst beendet, dann war der PC auch wieder normal schnell.
Möglicherweise hilfreich:
Error Log (glaube aber, der Fehler ist dort nicht erfasst):
16/10/2023 10:10:02 - INFO - root : Successful fit
18/10/2023 08:04:36 - INFO - root : Use C functions
18/10/2023 08:04:39 - INFO - root : zsync information 2023-10-02 12:34:33+02:00, c16f83293ee75d3cdfb20d8f2083f0442bb4850a, NMReval-2023.179-37a6d78-x86_64.AppImage
18/10/2023 08:04:39 - INFO - root : file information 2023-10-06 10:04:53, c16f83293ee75d3cdfb20d8f2083f0442bb4850a
18/10/2023 08:27:55 - INFO - root : Use C functions
Als ich über 'Bugs, Problems, Whishes' zu gitea wollte haben sich alle Google Chrome Sessions geschlossen. Schätze das ist eine Nebenwirkung vom vollgelaufenen Speicher.
agr Datei auf seafile->bug farm.
Edit:
Habe das Backup der Auswerteprogramm-Session geladen und die selbe Grace Datei eingelegen -> klappt problemlos.
Die agr ist wohl nicht das Problem. Relevanter sind da eher die Parameter, die für die Berechnung von T1/T2 wurden. Vielleicht kam da ein dubioser Wert raus, vielleicht war es auch was ganz anderes.
verwendet wurden aus der angehängten Datei:
Für Log-Gauss:
tau_{1}(6), tau_{1}err(7)
sigma(8), sigma_err(9)
Für Cole-Davidson:
tau{2}(14), tau_{2}_err(15)
Beim Ratenmittel über Evaluate Expression:
R(18), R_err(19)
um T1, T2 zu berechnen habe ich außerdem manuell eingetragenen
omega=153e6 edit: vertippt, es waren 157e3
gamma=2.20779634e-01 für die CD-Spektraldichte
delta = 157e3
eta=0
Spin=1
anisotropy
Keine Ahnung, was das Problem ist, ich kann's nicht reproduzieren...
Ich auch nicht. Lag wohl an keinem der Faktoren die ich bemerkt habe. Ich sag Bescheid wenns wieder passiert.
Das Auswerteprogramm ist wieder abgestürzt, nachdem der PC langsam wurde. Ich schätze, es hat wieder den Arbeitsspeicher volllaufen lassen, konnte aber nicht rechtzeitig zum Terminal navigieren um nachzugucken. Das Backup lässt sich nicht laden, wenn ich es versuche startet das Programm einfach nicht. Diesmal hatte ich vor dem Crash ein paar Inversion recovery Messungen ausgewertet.
Eben ist es schon wieder abgestürzt, als ich versuche habe die selbe Messreihe auszuwerten. Das Backup ließ sich diesmal laden.
Kannst du das Abstürzen regelmäßig mit den gleichen Schritten reproduzieren?
Wenn ja, was sind die Schritte?
Das Backup-Einlesen ist vermutlich ein Problem, dass nicht direkt mit dem Absturz zu tun hat.
nein, beim dritten Anlauf hat es problemlos geklappt.
Das ist alles komisch und macht die Fehlersuche auch schwierig...
Gab wieder einen Crash der wieder meinen PC für 20min lahmgelegt hat. Diesmal habe ich versucht eine sehr alte Session einzulesen. Das hat auch zunächst geklappt, in den nächsten Schritten ist dann wieder alles eingefroren. Diesmal habe ich im Terminal keinen python oder nmreval prozess gesehen der 100% CPU frisst. Vielleicht ist die Anzeige im Terminal aber auch nur einfach mit eingefroren.
Das Error Log schweigt wie üblich.
Ich konnte mit einer der alten nmr Sessions das Auswerteprogramm reproduzierbar (5 von 5 Mal) zum Absturz bringen. Daraufhin habe ich zu einem anderen Rechner gewechselt mit einem besseren Prozessor, dort hat alles geklappt. Die anderen Experimentatoren die ich finden konnte hatten im Vergleich zu meinem Rechner mindestens gleich starke, tendenziell eher bessere CPUs verbaut. Ich werde Markus fragen ob ich einen besseren Prozessor bekomme und dann darauf achten ob das Programm weniger oft den PC lahmlegt.
Kannst du mir sagen, wie du es zum Absturz bringst? Dann kann ich nachschauen, ob ich im Programm problematische Dinge anstelle. Vermutlich ist auch interessant, was du an Daten einliest, d.h. sind das Punkte, Spektren, Fits, alles davon, etc.,
Ich bin mir leider nicht mehr ganz sicher welche Session aus der Reihe es war, den wahrscheinlichsten Kandidaten habe ich aber eben auf Seafile hochgeladen.
https://kuno.fkp.physik.tu-darmstadt.de/f/b1b50a5543274773a173/
Die Session besteht aus einer Reihe von FIDs die zu verschiedenen Recovery Delays aufgenommen wurden und die ich dann in Spektren umgewandelt hatte. Ich weiß nicht mehr ob ich Apodisiert/Zerofilling gemacht hatte, wahrscheinlich schon. Abgestürzt ist das Programm auf meinem eigentlichen Rechner schon recht früh in den Verarbeitungsschritten. Als ich am weitesten gekommen bin hatte ich gemacht:
+1
diesmal beim Einlesen einer agr. Datei. (Noch kein neuer Prozessor)
Crash wenn Fitmodel aus FC-Kategorie kombiniert wird.to Christophs AbstürzeFragen zur AGR:
> Fragen zur AGR:
> - Ist es schon abgestürzt, bevor es dir die vorhandenen Sets anzeigt oder während es ausgewählte Datensätze einliest?
Es wurden keine Datensets angezeigt, allerdings hatte ich nachdem ich per drag&drop die Grace Datei eingelesen hatte, gemerkt, dass ich eine andere haben wollte und versucht mit "cancel" abzubrechen.
> - Wie viele Sets sind in der AGR und wie groß sind die ungefähr?
Diesmal waren es humane Relaxationsdaten, wobei die Datensets 20-40 Punkte hatten mit jeweils (x, y, Deltay, Kommentar)
> - Wie groß ist die AGR?
120kB
Da kann ich mal nachschauen, ob da vielleicht ein Problem ist. An der Datei sollte es wohl eher nicht liegen.
+1
schneller Absturz, ohne dass der PC langsam wurde. Das Terminal hat entsprechend auch keine große Auslastung des Arbeitsspeichers angezeigt.
Habe versucht ein Datenset mit vielen Punkten zur phasenkorrigieren, CPU war vmtl. überfordert.
Programmversion: 2023-12-17. PC-Version: veraltet.
+1 langsamer Absturz beim Einlesen einer .agr Datei.
Die Datei selbst war nicht allzu groß, es geisterten allerdings vmtl noch ein paar größere Field-Cycling Datensets in der Undo Funktion herum.
Auswerteprogrammversion ist vmtl vom 2023-12-17.