[BUG] AttributeError beim Einlesen von Daten #179

New Issue

saeckech · 2023-12-14T09:25:42Z

saeckech commented

2023-12-14 09:25:42 +00:00

Current behavior

Ich versuche den angefügten Satz an Daten einzulesen (Abschätzung einer Rotationszeit via Stokes-Einstein-Debye). Idealerweise direkt mit dem .ods Dokument in dem ich für verschiedene Parameter die Korrelationszeit berechnet habe.
Dabei kam zunächst eine Fehlermeldung bzgl ~'kann nicht mit UTF-8 gelesen werden'. Dann habe ich das Dokument als .csv gespeichert mit UTF-8 Kodierung und erhalte nun stattdessen den unten angegebenen Fehler. Die gleiche Fehlermeldung kommt, wenn ich versuche die Daten als gekürzte .dat Datei (hier als .txt angehängt) einzulesen.

Version

"About" sagt: 2023-12-08. "look for updates" sagt: 11 December 2023 8:14

Expected behavior

kein AttributeError beim Einlesen von Daten

Steps to reproduce

Datei per Drag&Drop ins Auswerteprogramm ziehen
x=3, y=6 7 8 bzw. y=5 6 7
"ok" klicken
nichts passiert
"cancel"
ErrorLog hat einen neuen Eintrag
:(

Log messages

14/12/2023 10:16:06 - ERROR - root : Uncaught exception:
Traceback (most recent call last):
  File "/tmp/.mount_NMRevaBJB1FR/usr/src/gui_qt/io/asciireader.py", line 180, in accept
    if self.apply():
  File "/tmp/.mount_NMRevaBJB1FR/usr/src/gui_qt/io/asciireader.py", line 223, in apply
    num_value=self.get_numerical_value(),
  File "/tmp/.mount_NMRevaBJB1FR/usr/src/gui_qt/io/asciireader.py", line 276, in get_numerical_value
    val = float(NUMBER_RE.search(m.group()).group().replace('p', '.'))
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'group'

Anything else?

No response

### Current behavior Ich versuche den angefügten Satz an Daten einzulesen (Abschätzung einer Rotationszeit via Stokes-Einstein-Debye). Idealerweise direkt mit dem .ods Dokument in dem ich für verschiedene Parameter die Korrelationszeit berechnet habe. Dabei kam zunächst eine Fehlermeldung bzgl ~'kann nicht mit UTF-8 gelesen werden'. Dann habe ich das Dokument als .csv gespeichert mit UTF-8 Kodierung und erhalte nun stattdessen den unten angegebenen Fehler. Die gleiche Fehlermeldung kommt, wenn ich versuche die Daten als gekürzte .dat Datei (hier als .txt angehängt) einzulesen. ### Version "About" sagt: 2023-12-08. "look for updates" sagt: 11 December 2023 8:14 ### Expected behavior kein AttributeError beim Einlesen von Daten ### Steps to reproduce 1. Datei per Drag&Drop ins Auswerteprogramm ziehen 2. x=3, y=6 7 8 bzw. y=5 6 7 3. "ok" klicken 4. nichts passiert 5. "cancel" 6. ErrorLog hat einen neuen Eintrag 7. :( ### Log messages ```shell 14/12/2023 10:16:06 - ERROR - root : Uncaught exception: Traceback (most recent call last): File "/tmp/.mount_NMRevaBJB1FR/usr/src/gui_qt/io/asciireader.py", line 180, in accept if self.apply(): File "/tmp/.mount_NMRevaBJB1FR/usr/src/gui_qt/io/asciireader.py", line 223, in apply num_value=self.get_numerical_value(), File "/tmp/.mount_NMRevaBJB1FR/usr/src/gui_qt/io/asciireader.py", line 276, in get_numerical_value val = float(NUMBER_RE.search(m.group()).group().replace('p', '.')) AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'group' ``` ### Anything else? _No response_

pNIPAM-Rotation_SED.csv

4.0 KiB

pNIPAM-Rotation_SED.ods

25 KiB

pNIPAM-Rotation_SED.txt

4.5 KiB

saeckech added the

Kind/Bug

label 2023-12-14 09:25:42 +00:00

dominik self-assigned this 2023-12-14 11:13:34 +00:00

dominik commented

2023-12-14 11:33:38 +00:00

Mehrere Punkte:

Du wolltest die ODS-Datei mit dem Auswerteprogramm öffnen? Das ging noch nie und wird auch nie gehen.
Kurzes Nitpicking: Deine CSV ist keine CSV, weil da nichts "comma-separated" ist, sondern eigentlich eine TSV. (Zurück zum Hauptprogramm...)
Die Vorschau kommt nicht mit gut den mehrfachen tabs zwischen Spalte 3 und 4 zurecht, deswegen stimmen die angzeigten Spalten auch nicht mit den tatsächlichen überein.
Zur Fehlermeldung: Du hast vermutlich einen RegEx, der zwar im Dateinamen ein Match findet, der aber keine Zahl beinhaltet. Das fange ich nicht ab, dass das passiert.

Mehrere Punkte: - Du wolltest die ODS-Datei mit dem Auswerteprogramm öffnen? Das ging noch nie und wird auch nie gehen. - Kurzes Nitpicking: Deine CSV ist keine CSV, weil da nichts "comma-separated" ist, sondern eigentlich eine TSV. (Zurück zum Hauptprogramm...) - Die Vorschau kommt nicht mit gut den mehrfachen tabs zwischen Spalte 3 und 4 zurecht, deswegen stimmen die angzeigten Spalten auch nicht mit den tatsächlichen überein. - Zur Fehlermeldung: Du hast vermutlich einen RegEx, der zwar im Dateinamen ein Match findet, der aber keine Zahl beinhaltet. Das fange ich nicht ab, dass das passiert.

saeckech commented

2023-12-14 11:59:17 +00:00

mehrfache tabs hatte ich in der .dat Datei entfernt, das Problem war der RegEx: der war leer.
Habe jetzt allem den Custom Value "1" zugewiesen, nun klappt es

mehrfache tabs hatte ich in der .dat Datei entfernt, das Problem war der RegEx: der war leer. Habe jetzt allem den Custom Value "1" zugewiesen, nun klappt es

saeckech closed this issue

2023-12-14 11:59:17 +00:00

dominik reopened this issue

2023-12-14 12:02:38 +00:00

dominik commented

2023-12-14 12:05:08 +00:00

Nee nee nee: Hier wird das Licht erst ausgemacht, wenn der Regex-Teil mit der Dummheit der Nutzer zurecht kommt.

dominik added the

Priority

Low

label 2023-12-14 12:05:29 +00:00

saeckech commented

2023-12-14 12:15:47 +00:00

dann je nachdem was du noch tust kannst du nochmal Bescheid sagen oder eigenständig den Wiki Eintrag aktualisieren
https://wiki.pkm.physik.tu-darmstadt.de/doku.php/agvogel:nmr-auswerteprogramm#loading_data
"When assigning numerical values to the datasets during read-in, a RegEx with a match in the filename but without something to convert to a number will cause an AttributeError."

dann je nachdem was du noch tust kannst du nochmal Bescheid sagen oder eigenständig den Wiki Eintrag aktualisieren https://wiki.pkm.physik.tu-darmstadt.de/doku.php/agvogel:nmr-auswerteprogramm#loading_data "When assigning numerical values to the datasets during read-in, a RegEx with a match in the filename but without something to convert to a number will cause an AttributeError."

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2023-12-17 16:10:00 +00:00

179 (#187)

dominik closed this issue

2023-12-17 16:10:00 +00:00

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Reference: IPKM/nmreval#179