[BUG] Semi-Automatic Evaluation with Read FC Data #205

New Issue

2024-01-05T07:22:26Z

saeckech commented

2024-01-05 07:22:26 +00:00

Current behavior

Die Option "add directory" verstehe ich so, dass man einen Ordner auswählt in dem .h5 Dateien vom Field Cycling gespeichert sind. Ich erhalte dann aber die Meldung "No magnetization found for [Unterordner]".

Ich habe die Daten dann einzeln einlesen wollen, die automatischen Fits fitten allerdings scheinbar immer einen Signalabfall, auch wenn nicht vorpolarisiert wurde, d.h. ein normaler SatRec-Anstieg erwartet wird. Ich glaube (fast) alle verwenden das gleiche Skript, dort ist im experiment script dictionary "p" mit key "ppnp" die Grenze festgelegt ab der (nicht mehr) vorpolarisiert wird.

Beim fitten mit der Streched Exponential Option kamen teilweise auch Werte beta>1 heraus - ist das absichtlich nicht eingeschränkt?

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About: 2024-01-03

Expected behavior

No response

Steps to reproduce

No response

Log messages

No messages besides "successful fit"

Anything else?

Auswerteprogramm lief in zweiter Instanz.

persönlich finde ich die erhaltenen Fitparameter im Ordner "fit" eher unhandlich abgelegt. Man kann aber zumindest die Parameter die man sich hat plotten lassen nochmal speichern.

### Current behavior Die Option "add directory" verstehe ich so, dass man einen Ordner auswählt in dem .h5 Dateien vom Field Cycling gespeichert sind. Ich erhalte dann aber die Meldung "No magnetization found for [Unterordner]". Ich habe die Daten dann einzeln einlesen wollen, die automatischen Fits fitten allerdings scheinbar immer einen Signalabfall, auch wenn nicht vorpolarisiert wurde, d.h. ein normaler SatRec-Anstieg erwartet wird. Ich glaube (fast) alle verwenden das gleiche Skript, dort ist im experiment script dictionary "p" mit key "ppnp" die Grenze festgelegt ab der (nicht mehr) vorpolarisiert wird. Beim fitten mit der Streched Exponential Option kamen teilweise auch Werte beta>1 heraus - ist das absichtlich nicht eingeschränkt? ### Version About: 2024-01-03 ### Expected behavior _No response_ ### Steps to reproduce _No response_ ### Log messages ```shell No messages besides "successful fit" ``` ### Anything else? Auswerteprogramm lief in zweiter Instanz. persönlich finde ich die erhaltenen Fitparameter im Ordner "fit" eher unhandlich abgelegt. Man kann aber zumindest die Parameter die man sich hat plotten lassen nochmal speichern.

saeckech added the

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Low

Kind/Bug labels 2024-01-05 07:22:26 +00:00

dominik added Type/NMR and removed Kind/Bug

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Low

labels 2024-01-05 07:40:06 +00:00

dominik commented

2024-01-05 08:02:24 +00:00

Die Option "add directory" verstehe ich so, dass man einen Ordner auswählt in dem .h5 Dateien vom Field Cycling gespeichert sind.

Nope, das ist nicht der Plan, das habe ich aber auch nie kommuniziert, was da der Plan ist: Das ist für den Fall, dass jemand die Textdateien auswerten will.

Beispiel: Die Magnetisierungskurven zu .h5-Datei FCMessung.h5 liegen nach dem Auswerten mit den Fits und den Bildern im Ordner FCMessung/data. Wenn der Ordner FCMessung dann für die Auswertung ausgewählt, werden diese Daten dann zum Fitten verwendet.

Ich habe die Daten dann einzeln einlesen wollen, die automatischen Fits fitten allerdings scheinbar immer einen Signalabfall, auch wenn nicht vorpolarisiert wurde, d.h. ein normaler SatRec-Anstieg erwartet wird. Ich glaube (fast) alle verwenden das gleiche Skript, dort ist im experiment script dictionary "p" mit key "ppnp" die Grenze festgelegt ab der (nicht mehr) vorpolarisiert wird.

Es wird immer die gleiche Funktion M0 * exp(-(x/T1)^beta) + Offset gefittet. Ich werde mir auch nicht die Mühe machen, das zu ändern, nur damit die Magnetisierung, die sich niemand anschaut, sinnvoll ist.

Beim fitten mit der Streched Exponential Option kamen teilweise auch Werte beta>1 heraus - ist das absichtlich nicht eingeschränkt?

Das ist tatsächlich nicht eingeschränkt, gibt es einen zwingenden Grund dafür?

persönlich finde ich die erhaltenen Fitparameter im Ordner "fit" eher unhandlich abgelegt. Man kann aber zumindest die Parameter die man sich hat plotten lassen nochmal speichern.

Geht es um die Fitkurven in den Unterordnern oder tatsächlich um die Fitparameter? Wo wären sie den weniger unhandlich (was auch immer "unhandlich" in dem Zusammenhang bedeutet).

> Die Option "add directory" verstehe ich so, dass man einen Ordner auswählt in dem .h5 Dateien vom Field Cycling gespeichert sind. Nope, das ist nicht der Plan, das habe ich aber auch nie kommuniziert, was da der Plan ist: Das ist für den Fall, dass jemand die Textdateien auswerten will. Beispiel: Die Magnetisierungskurven zu .h5-Datei _FCMessung.h5_ liegen nach dem Auswerten mit den Fits und den Bildern im Ordner _FCMessung/data_. Wenn der Ordner _FCMessung_ dann für die Auswertung ausgewählt, werden diese Daten dann zum Fitten verwendet. > Ich habe die Daten dann einzeln einlesen wollen, die automatischen Fits fitten allerdings scheinbar immer einen Signalabfall, auch wenn nicht vorpolarisiert wurde, d.h. ein normaler SatRec-Anstieg erwartet wird. Ich glaube (fast) alle verwenden das gleiche Skript, dort ist im experiment script dictionary "p" mit key "ppnp" die Grenze festgelegt ab der (nicht mehr) vorpolarisiert wird. Es wird immer die gleiche Funktion M0 * exp(-(x/T1)^beta) + Offset gefittet. Ich werde mir auch nicht die Mühe machen, das zu ändern, nur damit die Magnetisierung, die sich niemand anschaut, sinnvoll ist. > Beim fitten mit der Streched Exponential Option kamen teilweise auch Werte beta>1 heraus - ist das absichtlich nicht eingeschränkt? Das ist tatsächlich nicht eingeschränkt, gibt es einen zwingenden Grund dafür? > persönlich finde ich die erhaltenen Fitparameter im Ordner "fit" eher unhandlich abgelegt. Man kann aber zumindest die Parameter die man sich hat plotten lassen nochmal speichern. Geht es um die Fitkurven in den Unterordnern oder tatsächlich um die Fitparameter? Wo wären sie den weniger unhandlich (was auch immer "unhandlich" in dem Zusammenhang bedeutet).

saeckech commented

2024-01-05 08:25:42 +00:00

Nope, das ist nicht der Plan, das habe ich aber auch nie kommuniziert, was da der Plan ist: Das ist für den Fall, dass jemand die Textdateien auswerten will.

Beispiel: Die Magnetisierungskurven zu .h5-Datei FCMessung.h5 liegen nach dem Auswerten mit den Fits und den Bildern im Ordner FCMessung/data. Wenn der Ordner FCMessung dann für die Auswertung ausgewählt, werden diese Daten dann zum Fitten verwendet.

Habe einen Stichpunkt im Wiki dazu geschrieben. https://wiki.pkm.physik.tu-darmstadt.de/doku.php/agvogel:nmr-auswerteprogramm#loading_data

Es wird immer die gleiche Funktion M0 * exp(-(x/T1)^beta) + Offset gefittet. Ich werde mir auch nicht die Mühe machen, das zu ändern, nur damit die Magnetisierung, die sich niemand anschaut, sinnvoll ist.

Ist M0 eingeschränkt? Falls nein, weiß ich nicht warum es nicht geklappt hat. Falls doch könnte man die Grenzen entfernen, dann kann die Funktion die gleiche bleiben, für Evolutionsfelder f_evo > p["ppn"] sollte der Fit dann 0>M0~-Offset finden.

Das ist tatsächlich nicht eingeschränkt, gibt es einen zwingenden Grund dafür?

So viel oder wenig Grund wie bei allen anderen KWW fits auch.

Geht es um die Fitkurven in den Unterordnern oder tatsächlich um die Fitparameter? Wo wären sie den weniger unhandlich (was auch immer "unhandlich" in dem Zusammenhang bedeutet).

die Fitparameter. Die sind auskommentiert in der zweiten Zeile der Fits als "#value_1+/-Error_1 value_2+/-Error_2 ..." gespeichert. Wenn ich mit nochmal die Fitparameter plotten lassen will, müsste ich die Werte aus allen fit-Dateien auslesen und dem jeweiligen Evolutionsfeld zuornen(?). Handlicher fände ich eine einzelne zusätzliche Datei wie bei anderen fitparameter Dateien, d.h. mit Spalten für "f_evo, value_1 error_1 value_2 error_2 ... #choices"

> Nope, das ist nicht der Plan, das habe ich aber auch nie kommuniziert, was da der Plan ist: Das ist für den Fall, dass jemand die Textdateien auswerten will. > > Beispiel: Die Magnetisierungskurven zu .h5-Datei _FCMessung.h5_ liegen nach dem Auswerten mit den Fits und den Bildern im Ordner _FCMessung/data_. Wenn der Ordner _FCMessung_ dann für die Auswertung ausgewählt, werden diese Daten dann zum Fitten verwendet. Habe einen Stichpunkt im Wiki dazu geschrieben. https://wiki.pkm.physik.tu-darmstadt.de/doku.php/agvogel:nmr-auswerteprogramm#loading_data > Es wird immer die gleiche Funktion M0 * exp(-(x/T1)^beta) + Offset gefittet. Ich werde mir auch nicht die Mühe machen, das zu ändern, nur damit die Magnetisierung, die sich niemand anschaut, sinnvoll ist. Ist M0 eingeschränkt? Falls nein, weiß ich nicht warum es nicht geklappt hat. Falls doch könnte man die Grenzen entfernen, dann kann die Funktion die gleiche bleiben, für Evolutionsfelder f_evo > p["ppn"] sollte der Fit dann 0>M0~-Offset finden. > Das ist tatsächlich nicht eingeschränkt, gibt es einen zwingenden Grund dafür? So viel oder wenig Grund wie bei allen anderen KWW fits auch. > Geht es um die Fitkurven in den Unterordnern oder tatsächlich um die Fitparameter? Wo wären sie den weniger unhandlich (was auch immer "unhandlich" in dem Zusammenhang bedeutet). die Fitparameter. Die sind auskommentiert in der zweiten Zeile der Fits als "#value_1+/-Error_1 value_2+/-Error_2 ..." gespeichert. Wenn ich mit nochmal die Fitparameter plotten lassen will, müsste ich die Werte aus allen fit-Dateien auslesen und dem jeweiligen Evolutionsfeld zuornen(?). Handlicher fände ich eine einzelne zusätzliche Datei wie bei anderen fitparameter Dateien, d.h. mit Spalten für "f_evo, value_1 error_1 value_2 error_2 ... #choices"

dominik added this to the (deleted) project 2024-01-19 10:26:22 +00:00

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