FC Daten Einlesen #81

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2023-06-13T06:45:43Z

saeckech commented

2023-06-13 06:45:43 +00:00

Wenn ich eine FC .h5 Datei per 'Read FC data' einlesen lasse, wird im Auswerteprogramm nichts geplottet obwohl der Haken bei "New graph" gesetzt ist (Evaluate region fitparameter sind auch markiert). Im Ordner der unter "Save location" angegeben ist, wird ein Unterordner erstellt mit dem Datum der Messung. Darin wiederum erscheinen weitere Unterordner 'data', 'fit', 'png', wobei die letzten beiden leer bleiben. 'data' scheint ordnungsgemäß mit den zu fittenden Datenpunkten gefüllt zu sein.

dominik added the Kind/Bug

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Type/NMR Type/Fit labels 2023-06-13 08:06:08 +00:00

dominik self-assigned this 2023-06-13 08:09:45 +00:00

dominik commented

2023-06-13 08:10:05 +00:00

Wahrscheinlich war ein Fit nicht erfolgreich, das hat diesen Effekt (kann aber natürlich auch was anderes sein). In der Log-Datei könnte vielleicht eine Fehlermeldung dazu auftauchen.

dominik referenced this issue from a commit

2023-06-13 17:08:27 +00:00

#81 make t1 data real and catch more errors;

dominik commented

2023-06-14 06:27:44 +00:00

Ich habe ein paar Dinge angepasst. @saeckech Du kannst es noch einmal versuchen und schauen, ob es klappt. Wenn es macht, was es soll, schließ das hier, ansonsten schau bitte nach Fehlermeldungen.

saeckech commented

2023-06-14 07:57:08 +00:00

Es scheint zu funktionieren; zumindest kommen nun gefüllte Ordner mit möglicherweise sinnvollen Ergebnissen dabei heraus. Fehlermeldungen gibt es trotzdem:
"
RuntimeError: Optimal parameters not found: The maximum number of function evaluations is exceeded.
14/06/2023 09:48:14 - ERROR - root : Fit of field 5350.88960904 failed with exception
Traceback (most recent call last):
File "/tmp/.mount_NMRevadoq3oW/usr/src/nmreval/io/fcbatchreader.py", line 198, in fit
p0, pcov = curve_fit(FCReader.kww, v.x, v.y, p0=p0, bounds=bounds, max_nfev=500*len(v))
File "/tmp/.mount_NMRevadoq3oW/usr/lib/python3/dist-packages/scipy/optimize/minpack.py", line 799, in curve_fit
raise RuntimeError("Optimal parameters not found: " + res.message)
"

Ich verstehe die Meldung aber so, dass scipy nur denkt, dass der Fit schlecht ist - also kein prinzipieller Fehler(?)

Es scheint zu funktionieren; zumindest kommen nun gefüllte Ordner mit möglicherweise sinnvollen Ergebnissen dabei heraus. Fehlermeldungen gibt es trotzdem: " RuntimeError: Optimal parameters not found: The maximum number of function evaluations is exceeded. 14/06/2023 09:48:14 - ERROR - root : Fit of field 5350.88960904 failed with exception Traceback (most recent call last): File "/tmp/.mount_NMRevadoq3oW/usr/src/nmreval/io/fcbatchreader.py", line 198, in fit p0, pcov = curve_fit(FCReader.kww, v.x, v.y, p0=p0, bounds=bounds, max_nfev=500*len(v)) File "/tmp/.mount_NMRevadoq3oW/usr/lib/python3/dist-packages/scipy/optimize/minpack.py", line 799, in curve_fit raise RuntimeError("Optimal parameters not found: " + res.message) " Ich verstehe die Meldung aber so, dass scipy nur denkt, dass der Fit schlecht ist - also kein prinzipieller Fehler(?)

dominik commented

2023-06-14 08:13:19 +00:00

Der Fit war nicht erfolgreich, die Fehlermeldung ist dann unvermeidbar. Der Rest scheint dann aber zu funktionieren.

dominik closed this issue

2023-06-14 08:13:19 +00:00

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Reference: IPKM/nmreval#81